Perpignan Méditerranée gère divers sites écologiques remarquables dont l’étang de Canet-Saint-Nazaire, ainsi que d’autres espaces naturels (fleuve Têt, dépression salée de Canohes, Site naturel des Bouzigues à St Féliu d’Avall, Bois de Peyrestortes …).

La communauté d’agglomération intervient aussi au niveau de la qualité de l’eau (en particulier celle des eaux de baignade du littoral) et de la qualité de l’air.

L’expansion urbaine conduit à l’intégration de terrains agricoles en périphérie des villes. La vision paysagère mise en œuvre par le service environnement de Perpignan Méditerranée vise à conserver un équilibre harmonieux entre développement citadin et espaces naturels.
Avec des solutions novatrices comme la promotion d’une agriculture périurbaine ou la mise en place de circuits agro-touristiques (itinéraires de randonnée pédestre, équestre, VTTesque) en aménageant les terrains en friche.